天保期（1830年～1844年）　御狂言師中村鶴吉が藤間と中村歌右衛門の師名を一字ずつとって流名としたのが始まり。 鶴吉が大正に没した後、その門弟鶴若が二代目を襲名、さらに二代目の門弟石黒仲子が三代目藤村鶴吉となった。

三代目藤村鶴吉から藤村別家を許され、家元藤村亀吉が誕生した。

初代家元藤村亀吉（坂田千代）が1950年没したが、2000年に二代目藤村亀吉（金子早苗）が復活させて現在に至る。